Osmanlı şeyhülislamı. 1535-36’da doğdu. Kanuni devri alimlerinden Tireli Kazasker Bostan Mustafa Efendi’nin oğludur. Arapzade Efendi, Kadızade Efendi ve Gül Hoca Çelebi gibi devrinin bilginlerinden ders gördükten sonra 1556’da mülazım oldu. Ardından 40 akçe ile Eski İbrahim Paşa Medresesi müderrisliğine tayin edildi. Daha sonra çeşitli medreselerde, bu arada Sahn-ı Seman, Yavuz Sultan Selim, Süleymaniye ve Edirne Selimiye medreselerinde müderrislik yaptı.
1573 yılında Şam, 1575’te Bursa, kısa bir süre sonra Edirne, 1576’da İstanbul kadılığına tayin edildi. 1577’de Anadolu, 1580’de Rumeli kazaskeri oldu. Kısa bir mazuliyetten sonra 1583’te Kahire kadılığına getirildi.1587’de ikinci defa Rumeli kazaskerliğine tayin edildikten sonra Şeyhülislam Müeyyedzade Abdülkadir Efendi’nin, paranın değerinin düşürülmesiyle çıkan ve tarihlerde Beylerbeyi Vakası olarak geçen olaylar sebebiyle azledilmesi üzerine, 3 Nisan 1589’da şeyhülislam oldu.
Ancak üç yıl sonra azledildi. Kaynaklarda azil sebebi olarak Anadolu kazaskeri ve devrin tanınmış şairi Baki ile aralarında çıkan bir tartışma gösterilir. Kaynaklarda belirtildiğine göre Bostanzade, kardeşi İstanbul Kadısı Mustafa Efendi’yi Anadolu kazaskerliğine getirmek için Baki aleyhinde bazı kadılara şikayetler yaptırır. Baki de bir divan toplantısında şeyhülislamı tertipçilik ve insafsızlıkla suçlar.
Bu konuşmadan haberdar olan Bostanzade, Baki’nin bazı beyitlerinin küfrü mûcip olduğunu, azledilmediği takdirde kendisinin şeyhülislamlığı bırakıp başka ülkeye gideceğini söyler. Bu durumdan rahatsız olan III. Murad Bostanzade’yi ve kardeşini azlederek, şeyhülislamlığa Bayramzade Zekeriyya Efendi’yi getirir. Bostanzade azledildikten hemen sonra aynı yıl içinde üçüncü defa Rumeli kazaskerliğine getirilmiş, 11 Temmuz 1593’te de Zekeriyya Efendi’nin vefatı üzerine yeniden şeyhülislam olmuştur. Bu ikinci şeyhülislamlığı vefatına kadar yaklaşık beş yıl sürmüştür. Böylece toplam olarak şeyhülislamlıkta kaldığı süre yedi yıl, dokuz ay, yirmi sekiz gün tutmaktadır. 24 Şaban 1006’da-1 Nisan 1598 vefat eden Bostanzade Şehzade Camii avlusunun caddeye bakan tarafına defnedilmiştir.
