Kahire'de ondan icâzet alan İbn Hacer el-Askalânî'nin İbnü'l-Fenerî diye tanındığını belirtmesi, Zeynüddin el-Hâfî'nin halifesi İbn Gānim el-Kudsî'ye gönderdiği Arapça bir şiirinde kendisinden İbnü'l-Fenârî diye söz etmesi babasının da bu nisbeyle anıldığını göstermektedir. Açık bilgi bulunmaması sebebiyle kaynaklar bu rivayetleri nakletmek ile yetişmiş, Uzunçarşılı ise bir gerekçe göstermeden Yenişehir ile İnegöl taraflarındaki Fenâr kasabasından olduğunu kaydetmiştir.
Molla Fenârî, ilk öğrenimini babasının yanında tamamladıktan sonra İznik'te Alâeddin Ali Esved'in derslerine devam etti. Hocasıyla arasında geçen ilmî bir tartışma yüzünden oradan ayrıldı ve Amasya'ya gitti. Amasya'da Cemâleddin Aksarâyî'nin öğrencisi oldu ve 1376 yılında kendisinden icâzet aldı. Ardından Seyyid Şerîf el-Cürcânî ile birlikte gittiği Kahire'de başta Ekmeleddin el-Bâbertî olmak üzere çeşitli âlimlerden şer'î ilimleri tahsil etti; Bâbertî'den de icâzet aldıktan sonra Bursa'ya döndü. Yıldırım Bayezid tarafından Manastır Medresesi müderrisliği ve bunun yanı sıra 1393 Bursa kadılığı ile görevlendirildi. Bu vazifesini on yıl kadar sürdürdü. Ankara Savaşı'nın ardından Timur'un askerleri Bursa'yı ele geçirince, daha önce Yıldırım Bayezid'in esir alıp hapsettirdiği Karamanoğlu Alâeddin Bey'in iki oğlu II. Mehmed Bey ve Ali Bey hürriyetine kavuşmuş ve Timur tarafından Karamanlı ülkesinin yönetimine getirilmişti.
Molla Fenârî de muhtemelen Mısır seyahati dönüşünde Konya ve Karaman'a uğradığında tanıştığı Mehmed Bey'le Karaman'a gitti. Orada on yıldan fazla bir müddet ders verdi. 817'de Bursa'ya döndü ve Çelebi Sultan Mehmed devrinde 818 (1415) yılında ikinci defa Bursa kadılığına getirildi. 822'de çıktığı hac seyahatinden dönerken Kahire'ye uğradı ve el-Melikü'l-Müeyyed Şeyh el-Mahmûdî'nin isteğiyle bir süre orada kaldı. Kahire'de bulunduğu sırada dönemin önde gelen âlimleriyle ilmî müzakerelerde bulundu ve ders verdi. 1420) yılında Mısır'dan ayrılan Molla Fenârî, Kudüs'e uğradıktan sonra Bursa'ya döndü ve eski görevine devam etti. II. Murad tarafından 828'de müftülük vazifesine tayin edildi. Bu unvanı taşıyan kimsenin diğer ulemâya nisbetle önemli bir mevki işgal ettiği bilinmekle birlikte bazı kaynaklarda Fenârî'nin ilk şeyhülislâm olarak anılması, pâyitaht müftülük makamının XVI. yüzyılın ortalarında ulaştığı kurum hüviyetiyle kelimenin kazandığı "devletin bütün ilmiye sınıfının resmî mercii" anlamında düşünülmemelidir. 1430 yılında yaptığı ikinci hac yolculuğunda da Kahire'ye uğrayan Molla Fenârî buradaki âlimlerle ilmî görüşmeler yaptı. Döndükten kısa bir süre sonra 1 Receb 15 Mart 1431 tarihinde Bursa'da vefat etti. Hüseyin Hüsâmeddin, bazı vakıf kayıtlarına ve kitâbelere dayanarak Molla Fenârî'nin 838'de (1434-35) öldüğünü kaydeder . Cenazesi kendi yaptırdığı caminin hazîresine defnedildi. Öğrencileri arasında oğlu Mehmed Şah Fenârî, Şehâbeddin İbn Arabşah, Kadızâde-i Rûmî, Kutbüddinzâde İznikî, Kâfiyeci, Emîr Sultan, Molla Yegân ve İbn Hacer el-Askalânî gibi âlimler bulunmaktadır.
Molla Fenârî, Osmanlı Devleti'nde tasavvufa ilgi duyan ilmiye mensuplarının önde gelenlerindendir. Tasavvuf kültürüne olan yakın ilgisi bazı eserlerinde açıkça görülür. Tasavvufî düşüncelerinin şekillenmesinde Muhyiddin İbnü'l-Arabî'nin tesiri vardır ve İbnü'l-Arabî'ye nisbet edilen Ekberiyye mektebinin görüşlerini Anadolu'da temsil eden âlimler arasında yer almaktadır. Babasından Sadreddin Konevî'nin Miftâḥu'l-ġayb'ını okumuş, daha sonra bu eseri şerh etmiştir. Fenârî ayrıca hem Miftâḥu'l-ġayb'ı hem de İbnü'l-Arabî'nin Fuṣûṣü'l-
Konevî'nin ölüm tarihi göz önüne alınırsa Fenârî doğduğunda babasının 100 yaşlarında olması gerekir. Bu sebeple bizzat Konevî'den değil talebesinden veya talebesinin talebesinden okumuş olmalıdır. Kaynaklarda ayrıca Ebheriyye (Evhadiyye-Safeviyye / Erdebîliyye) ve Rifâiyye tarikatlarından hilâfet aldığı ve Zeyniyye tarikatına da intisap ettiği kaydedilmektedir. Diğer taraftan Fahreddin er-Râzî ekolüne bağlı olup Râzî'nin geliştirdiği İbn Sînâcı sistemin Osmanlı geleneğine taşınmasında önemli rol oynamıştır.
Gerek devlet erkânının gerekse halkın saygı gösterdiği ve maddî durumu iyi olmasına rağmen sade bir hayat yaşadığı nakledilen Molla Fenârî geçimini sağlamak için ipekçilikle meşgul olmuştur. Taşköprizâde, Fenârî'nin vefat ettiğinde 10.000 ciltlik bir kütüphane bıraktığına dair bir rivayet kaydeder. Molla Fenârî, Kudüs'te bir medrese ile Bursa'da üç mescid ve bir medrese yaptırmış, 1430 tarihli vakfiyesi ile bunlara birçok emlâkini tahsis etmiştir. Oğullarından Mehmet Şah Fenârî de âlim olup çeşitli eserler telif etmiş, Yûsuf Bâlî ise müderrislik ve kadılık görevlerinde bulunmuştur. Osmanlı Devleti'nde ilmiye sınıfına tanınan imtiyazlar ilk defa II. Murad tarafından Molla Fenârî ailesine verilmiş, daha sonra bütün ilmiye ailelerine teşmil edilmiştir.
