8 Kasım 745 tarihinde Medine yakınındaki Ebvâ’da doğdu. Annesi Hamîde bint Sâid el-Berberiyye’dir. Hayatının ilk devresini Medine’de babası Ca‘fer es-Sâdık’ın yanında geçirdi. Öğrenimiyle ilgili bilgiler son derece sınırlı olmakla birlikte babasından ve Abdülmelik b. Kudâme el-Cumahî’den rivayette bulunduğu bilinmektedir. en-Nefsüzzekiyye diye bilinen Muhammed b. Abdullah el-Mehdî’nin 762 yılında Abbâsî Halifesi Mansûr’a karşı başlattığı isyan hareketine baba bir kardeşi Abdullah el-Eftah’la birlikte katıldığı nakledilir (Ebü’l-Ferec el-İsfahânî). Babasının 148’de vefatı üzerine imâmet konusunda ortaya çıkan farklı görüşlerden kendi imâmeti dışındaki iddiaları reddetmiş, aralarında Ca‘fer es-Sâdık’ın yakın çevresinden Hişâm b. Sâlim el-Cevâlîkī, Ebû Ya‘fûr Abdullah, Ebû Ca‘fer el-Ahvel, Ubeyd b. Zürâre b. A‘yen, Cemîl b. Derrâc, Ebân b. Tağlib ve Hişâm b. Hakem gibi ileri gelenlerin de bulunduğu bir grubun desteğiyle imâmetini ilân etmiştir. Rakibi Abdullah b. Ca‘fer’in ölümünden sonra Fetahiyye diye anılan mensuplarının büyük bir kısmı ile İsmâiliyye’yi teşkil edecek grupların dışında kalanlar zaman içinde Mûsâ el-Kâzım’ın imâmetini benimsemiştir.
Abbâsîler’e karşı barışçı bir politika izleyip daha çok ibadet ve takvâya yönelen Mûsâ el-Kâzım’ın düşüncelerini benimseyenlerin çoğalması, büyük miktarlara ulaşan atiyye ve insanlarda bulunması Halife Mehdî-Billâh’ın ondan şüphe etmesine yol açtı. Bu sebeple Medine’den Bağdat’a getirilerek bir süre hapsedildi. Ancak halife 785 yılında onu hapisten çıkarıp gönlünü aldı, kendisine ve evlâtlarına karşı isyan etmeyeceğine dair yemin ettirdikten sonra 3000 dinar vererek Medine'ye gönderdi. (Taberî). Aynı yıl içinde Abbâsî idaresine karşı isyan eden Hüseyin b. Ali Sâhibüfah olayında yeni halife Hâdî-İle Hakk’ın da Mûsâ el-Kâzım’dan şüphelendiği, onu isyanı kışkırtmakla suçladığı ve kendisini öldürmeyi planladığı nakledilir. Halbuki Mûsâ el-Kâzım, Hüseyin b. Ali’nin hareketine katılmadığı gibi onu uyarmış, bunu hayatıyla ödeyeceğini söyleyerek vazgeçmesini istemiştir. Kadı Ebû Yûsuf halifeyi ikna edip Mûsâ’yı öldürmekten vazgeçirdi (İbn Tâvus). Buna rağmen Mûsâ, Abbâsî halifelerinin gözünde şüpheli bir kimse olmaktan kurtulamadı.
Hârûnürreşîd’in hilâfetine kadar (786) Medine’de kalan Mûsâ el-Kâzım çeşitli bahaneler ileri sürülerek Bağdat'a celb edildi ve hayatının son dört yılını hapishanede geçirdi. Bazı rivayetlere göre halife, Mûsâ el-Kâzım’ın mensuplarından Hişâm b. Hakem’in düşüncelerine önce ilgi duymuş, ardından bunları tehlikeli bularak imamın hapsedilmesini emretmiştir. Diğer bir rivayete göre ise Vezir Yahyâ b. Hâlid el-Bermekî ile birlikte bazı ileri gelenler, Mûsâ el-Kâzım’ın sahip olduğu itibarın ileride kendilerine zarar vereceğinden endişe edip onu halife nezdinde tehlikeli bir şahsiyet olarak göstermişlerdir.
179 yılı Receb yahut Ramazan ayında ''Ekim veya Aralık 795'' umre için veya aynı yılın zilhicce ayında ''Şubat-Mart 796'' hac maksadıyla yola çıkan Hârûnürreşîd, Medine'ye ulaştığında başta Mûsâ el-Kâzım olmak üzere şehrin ileri gelenleri tarafından karşılandı. Mescid-i Nebevî’ye giden ve Hz. Peygamber’in kabrini ziyaret eden halife kabrin başında, ümmet içinde karışıklığa ve kan dökülmesine sebep olduğundan torunu Mûsâ’yı hapsedeceğini, bu sebeple kendisinden özür dilediğini söyledi. Ardından Mûsâ yakalanıp bir rivayete göre doğrudan Bağdat’a gönderilmiş, diğer bir rivayete göre ise halkın tepkisini hafifletmek amacıyla Mûsâ el-Kâzım iki katır üzerine konulan mahmillerden birine bindirilmiş, Basra ve Kûfe yol ayrımına gelindiğinde kafile ikiye ayrılarak biri Basra’ya, diğeri Kûfe’ye sevk edilmiştir. Basra’ya ulaşan Mûsâ, Vali Îsâ b. Ca'fer b. Mansûr’a teslim edildi ve burada bir yıl kadar hapiste kaldı. Mûsâ’nın ibadet ve takvâsından etkilenen vali halifenin öldürme isteğini yerine getirmedi ve yazdığı mektupta Mûsâ aleyhinde bir delil bulamadığını, onu başkasına teslim etmesini, aksi takdirde kendisini salı vereceğini bildirdi. Ardından Bağdat’a getirilerek hâcib Fazl b. Rebî‘in gözetiminde ev hapsinde tutuldu; halifenin gördüğü bir rüya üzerine serbest bırakılsa da kısa bir süre sonra tekrar hapsedildi. Bu defa Fazl b. Yahyâ el-Bermekî’nin nezaretinde ev hapsinde tutulan Mûsâ’ya karşı Fazl’ın iyi davrandığı belirtilmektedir (Ebü’l-Ferec el-İsfahânî). Bu sırada Mûsâ’nın çevredeki mensuplarıyla ilişki kurduğu şeklindeki haber, Rakka’da bulunan halifeye ulaşınca halife onun öldürülmesi için Fazla yazılı emir gönderdi. Fakat onun da emri yerine getirmeyip Mûsâ el-Kâzım’ı 100 kamçı vurdurmak suretiyle cezalandırdığı nakledilir. Daha sonra Mûsâ el-Kâzım, Bağdat emniyet görevlisi Sindî b. Şâhek’e teslim edildi. Fazl ile halife arasında geçen olayları öğrenen Fazl’ın babası Yahyâ b. Hâlid halifeyi ziyaret ederek oğlunun yaptığı hatadan dolayı affedilmesini ve ona verilen görevin kendisine verilmesini istedi. Halifeden öldürme emrini alan Yahyâ Bağdat’a dönerek Sindî b. Şâhek’le irtibat kurdu ve Mûsâ’yı öldürttü ''Receb 183 - Ağustos 799''. Taberî hiçbir ayrıntıya girmeksizin Mûsâ el-Kâzım’ın Receb 183’te öldüğünü kaydetmiş ''Târîḫ, VIII, 271'', diğer Sünnî tarihçiler de aynı şekilde hareket etmişlerdir ''meselâ bk. İbnü’l-Esîr, VI, 164; İbn Kesîr, X, 183''. Cenazesi, Arap ileri gelenlerinin defnedildiği Bağdat’ın kuzeybatısındaki Mekābirukureyş’in (Mekābiruşûnîzî) sonraları Kâzımiyye diye anılacak olan Bâbüttibn mahallinde defnedildi ve ardından üzerine bir türbe yaptırıldı. Torunu Muhammed et-Takī’nin de gömüldüğü bu türbe Şah İsmâil tarafından genişletilerek tamir ettirilmiş, bu çalışmalar Kanûnî Sultan Süleyman zamanında tamamlanmıştır. Mûsâ el-Kâzım’ın hanımlarından ve câriyelerinden olan erkek ve kız evlâtlarının toplam sayısı rivayetlere göre otuz yedi ile altmış arasında değişmektedir. Çeşitli kaynaklarda erkeklerin sayısı on sekiz-yirmi üç, kızların sayısı on dokuz- otuz yedi olarak gösterilmektedir (Şeyh Müfîd).
Güvenilir bir râvi olan ''İbn Ebû Hâtim, VIII, 139'' Mûsâ el-Kâzım’dan oğulları Ali er-Rızâ, İbrâhim ''el-Murtazâ'', İsmâil ve Hüseyin, kardeşleri Muhammed ve Ali rivayette bulunmuştur. Mensuplarının çoğu onun hapiste iken öldüğünü ve imâmetin Ali er-Rızâ’ya geçtiğini kabul etmiştir. Bunun yanında Mûseviyye diye anılan bir grup onun ölmediğini, mehdî olarak zuhur edip dünyaya adalet getireceğini veya öldüğünü, fakat kāim olarak ortaya çıkacağını, bir kısmı da Allah'ın onu Hz. Îsâ gibi semalara yükselttiğini ve kıyametten önce zuhur edeceğini iddia etmiştir. Bu arada ölüp ölmediği hususunda tereddüt edenlerin yanı sıra imâmetin onunla nihayete erdiğini ileri sürenler de vardır (Sa‘d b. Abdullah el-Kummi). Öldüğünü kabul etmeyip zamanı gelince yeniden gönderileceğini söyleyen Vâkıfe ile İsnâaşeriyye arasında önemli tartışmalar olmuştur. Mûsâ el-Kâzım tasavvufta da önemli şahsiyetler arasında zikredilmektedir. Şakīk-ı Belhî kendisini 149- 766 yılında Kādisiye’de gördüğünü ve onun Allah’ın velîlerinden biri olduğunu söylerken ''Yûsuf b. İsmâil en-Nebhânî'' Ma'rûf-i Kerhî ve Bir el-Hâfî de onunla buluştuklarını belirtmektedir.
Mûsâ el-Kâzım’ın günümüze intikal eden birkaç eserinden biri, usul ve fürû konularında elli dokuz hadis ihtiva eden Müsnedü’l-İmâm Mûsâ b. Caʿfer adlı risâledir (Beyrut). Bir diğer eser Vaṣıyyetü’l-İmâm el-Kâẓım li-Hişâm b. el-Ḥakem olup Fâris Hassûn Kerîm tarafından yayımlanmıştır. Ayrıca Abdü’l-Hüseyin el-Cevâhirî, Ṭıbbü’l-İmâm Mûsâ el-Kâẓım adlı çalışmasında onun tıpla ilgili tavsiyelerini neşretmiştir. (Beyrut)
