İstanbul Atikalipaşa semtinde dünyaya geldi.
Babası, Beyazıt’taki Sadrazam Seyyid Hasan Paşa Medresesi müderrislerinden Mehmed Emin Efendi’dir.
Şam ve Edirne kadılıklarında bulunan dedesi Mehmed Müstakim Efendi’ye nisbetle ‘’Müstakimzade’’ diye şöhret buldu.
Babasının yanı sıra Fatih Camii imamı Seyyid Yusuf Efendi, Yemliha Hasan Efendi, Hanif İbrahim Efendi, Abbas Vesim Efendi gibi alimlerden ders aldı, Arapça ve Farsça öğrendi.
Sülüs ve nesihi Eğrikapılı Mehmed Rasim, ta’lik yazıyı önce Fındıkzade İbrahim, ardından Katibzade Mehmed Refii efendilerden öğrenerek kendini yetiştirdi.
Nakşibendi Müceddidi şeyhi Mehmed Emin Tokadi’ye intisap ederek yedi yıl hizmetinde bulundu, kendisinden tarikat hilafeti ve hadis icazeti aldı.
1745 yılında mürşidinin ve arkasından annesinin vefatı üzerine derin bir üzüntüye kapıldı.
Sağlığına iyi gelir düşüncesiyle Bursa’ya giderek bir süre orada kaldı.
Dedeleri ve babası gibi ilmiye sınıfına girmek isteyen Müstakimzade, 1751’de babasının ölümünden birkaç ay sonra Seyyid Murtaza Efendi’nin şeyhülislamlığı döneminde açılan müderrislik imtihanına girdi.
Ancak sakalının seyrekliği gerekçe gösterilerek başarısız sayıldı.
Bu durum onu çok etkiledi. Bu tarihten itibaren bütün zamanını ilme ve eser telifine ayırdı.
Hayatının son döneminde yapılan müderrislik teklifini kabul etmedi.
Başta tasavvuf olmak üzere dini ilimlerin hemen hepsinde, dil ve edebiyat sahasında çok sayıda eser kaleme aldı.
Şairlik yönü de bulunan Müstakimzade tarih düşürmede çok başarılıdır ve birçok eserinin adı ebcedle telif tarihini vermektedir.
Ömrünü yoksulluk içinde geçiren Müstakimzade hiç evlenmemiş, geçimini kitap istinsah ederek sağlamıştır.
14 Temmuz 1788 vefat etti ve Zeyrek’te Piri Paşa Camii haziresinde Mehmed Emin Tokadi’nin kabri yanına defnedildi.
