Osmanlı şeyhülislâmı. I. Ahmed döneminde Halep kadısı olan ve Kara Sun’î lakabıyla tanınan Sun’ullah Efendi’nin oğludur. Annesi tarafından Emîr Sultan’ın torunlarından olduğu kaydedilir; seyyid unvanı ile anılması da muhtemelen bu akrabalığa dayanır.
Mehmed Emin Efendi, babasından eğitim aldıktan sonra İstanbul’a giderek devrin ulemâsından ve özellikle Azmîzâde Efendi’den ders alıp tahsilini tamamladı. Ekim 1627 Nişancı Mehmed Paşa Medresesi’nde müderrisliğe başladı.
Haziran 1630’da Yahyâ Efendi Medresesi’ne, Eylül 1632’de Murad Paşa Medresesi’ne ve Mart 1634’da Sahn-ı Semân müderrisliğine getirildi. Nisan 1639’da Ayasofya-i Kebîr ve Ağustos-Eylül 1640’da Süleymaniye medreselerine tayin edildi.
Ekim 1641’de Selânik kadılığına getirildi, azlinden önce Edirne pâyesini aldı ve Temmuz-Ağustos 1643’da mâzul oldu. Ağustos 1646’da Halep, Ocak 1647’da Kahire kadılığına getirildi; Eylül 1647’da ayrıldı ve 1649’da İstanbul kadılığına tayin edildi.
12 Ağustos 1650’da İstanbul kadılığından azlinden sonra kendisine Güzelhisar ve Tokat arpalıkları verildi. 24 Eylül 1654’da Anadolu kazaskerliği makamına tayin edilen Seyyid Mehmed, Şevval Ağustos’da 1655 emekli oldu.
Ardından Rumeli pâyesi aldı ve Mayıs 1657’de Rumeli kazaskerliğine getirildi. Nisan 1658’da azledildi ve inzivaya çekildi. Ancak 1660-61 ikinci defa Rumeli kazaskeri oldu. Bu görevini sürdürürken 3 Şubat 1662 Köprülü Fâzıl Ahmed Paşa ile anlaşmazlığa düşen Esîrî Mehmed Efendi’nin azli üzerine şeyhülislâmlığa getirildi.
Devrin kaynaklarında Mehmed Emin Efendi’nin “hafifmeşrep” olduğu ve şeyhülislâmlık makamının vakarını muhafaza edemediği, bu yüzden on ay kadar şeyhülislâmlık yaptıktan sonra yaşlılıktan dolayı bunama gerekçesiyle 21 Kasım 1662’da toplanan divan sırasında alınan kararla azledildiği belirtilir. Ayrıca azil sebebi olarak umûr-ı hâriciyyesinin bulunmayışının yanı sıra rüşvet aldığı söylentileri de gösterilir.
Kaynaklarda zikredilen bir başka gerekçe ise Melâmiyye tarikatında kutub derecesine kadar yükselmiş olan Sütçü Beşir Ağa ile müridlerinin idamlarına fetva vermesidir.
