Kuba Mescidinin faziletini belirten hem Kur'ân'dan hem de Efendimiz'in söz ve uygulamalarından örnekler vardır. Kur'ân'da: ''…İlk günden temeli takva Allah'a karşı gelmekten sakınmak üzerine kurulan mescit Kuba mescidi, içinde namaz kılmana elbette daha layıktır. Orada temizlenmeyi seven adamlar vardır. Allah da tertemiz onları sever." (Tevbe, 9/108)

Amr b. Avfoğulları'nı kıskanan Ganem b. Avflar Hz. Peygamber'in Tebük seferi sırasında, Kuba'da bir mescid daha yaptılar. Ancak amaçları Müslümanların arasını açmak, cemaati bölmek ve Hz. Peygamber'e bir tuzak hazırlamaktı. Liderleri olan Ebû Âmir er-Rahip, Bizans'tan yardım istemeye gitmişti. Tebük Seferi dönüşünde Zû Evan denilen mevkide konaklayan Allah Rasûlü'nün yanına gelerek yaptıkları mescidde namaz kılmaya davet ettiler. Hz. Peygamber (s.a.v.), davete icabet etmeye hazırlanırken Allah tarafından uyarıldı ve bundan vazgeçti: "Zarar vermek, hakkı tanımamak ve mü'minlerin arasını açmak ve önceden Allah ve Rasûlü ile savaşmış olan adamın gelmesin'i gözetmek için bir mescid yapanlar da var. "İyilikten başka bir niyetimiz yoktu" diye de yemin edecekler. Hâlbuki Allah onların yalan söylediklerine şahitlik eder. Orada asla namaza durma. Tâ ilk günden takvâ üzerine kurulan mescid, elbette içinde namaza durmana daha uygundur. Orada temizlenmeyi seven erkekler vardır. Allah da temizlenenleri sever." (Tevbe, 9/107-108).

Âyette geçen "Takva Mescidi'nin hangisi olduğu hususunda farklı rivayetler ve yorumlar vardır. Mehmed Vehbî Efendi: "Esası takva üzerine bina kılınan mescidden murad, Mescid-i Nebevî olma ihtimali var ise de âyetin evveli ve âhiri Mescid-i Kubâ olmasına delalet eder" şeklinde açıklar. (Hulasatü'l-Beyan fi Tefsiri'l-Kur'ân). Âyette zikri geçen "temizliği seven erkekler" ifadesi ile Kubâ halkı kastedilmiştir. Çünkü onlar su ile istincayı âdet hâline getirmişlerdi. (Hak Dini Kur'an Dili).

Ashâb-ı Kiram'dan Ebû Eyyûb el-Ensârî ve Urve "Takva Mescidi'nin Kubâ Mescidi olduğu görüşündedirler. (İbn Sa'd).

Bu açıklamalar ışığında anlıyoruz ki bütün kalpleriyle Allah'a ve Rasûlü'ne yönelen ilk Müslümanların inşa ettiği İslâm'ın İlk mescidi olan Kuba mescidi Kur'ân'da takva mescidi olarak övülmüştür. Onun karşiliginda münafiklar tarafindan yine ayni bölgeye Müslümanlara zarar vermek, nifak sokmak için inşa edilen mescid de ''Mescid-i Dırar'' olarak adlandırılmıştır. Kubâ Mescidi Hz. Peygamber (s.a.v.)'in, düzenli olarak cumartesi günleri, bazen de pazartesi günleri ziyaret etmeyi âdet haline getirdiği bir mesciddi. Oraya bazen binekli olarak bazen yaya gider ve namaz kılardı. Bir hadîs-i şeriflerinde bunu Müslümanlara da tavsiye ederek şöyle buyurmuşlardı: "Evinde temizlenip Kuba Mescidi'nde namaz kılan kişi bir umre sevabı kazanır." Başka bir rivayette ise: "Kuba Mescidi'nde pazartesi ve perşembe günleri kılınan namazın sevabı bir umre sevabına çevrilir." (İbn Mâce)

Hz. Ömer (r.a.) efendimiz halifeliğinde pazartesi ve perşembe günleri burayı ziyaret eder, Kuba çok uzak bir yerde olsaydı devesini oraya ulaşmak için yine süreceğini ifade ederdi. (İbn Sa'd)

Hz. Ömer (r.a.), Kuba mescidine geldiğinde her tarafını kendi eliyle siler süpürür ve temizliğini yapardı.

Ashâb-ı Kiram'dan Sa'd el-Kurazi buranın müezzinliğini yapmaktaydı. Bilâl-i Habeşî'nin Hz. Peygamber (s.a.v.)'in vefatından sonra üzüntüsünden Mescidi Nebevî'nin müezzinliğini bırakması üzerine Sa'd orada görev yapmaya başladı. Mescid-i Haram, Mescid-i Nebevi ve Mescid-i Aksa'dan sonra, fazilet itibariyle dördüncü olan bu mescidi ziyaret ederek namaz kılmak sünnettir. Bu mescid de, Mescid-i Nebi gibi ilmi faaliyetlerin yapıldığı bir mescitti. Efendimiz (s.a.v.) buraya geldiğinde bizzat bu ilmi çalışmalara nezaret ederdi.