Hz. Osman ra evinde Kur'an I Kerim okurken asilerden Mısırlı Gafiki, Halifenin üzerine atılarak şehit etti.
Bu arada Hz. Osman'ın hanımı Nailenin de parmakları kesildi. Hz. Osman ra böylece asiler tarafından şehit edildi.
Asiler, Halifenin evini de soydular. Devlet hazinesi olan beytülmalı da yağma ettiler. Asiler, Medineyi Münevvereyi kana buladılar.Halifenin cenazesi, üç gün defnedilemedi. Nihayet Zübeyr on yedi kişiyle cenaze namazını kıldıktan sonra, Baki mezarlığına defnettiler. Hz. Osman, şehit edildiği zaman 82 yaşında bulunuyordu.
Hz. Osman'ın şehit edilme haberi, İslam ülkesinde büyük üzüntüye yol açtı. Her tarafta büyük bir huzursuzluk ve üzüntü başladı. İslam düşmanları fitneyi çıkarmışlar, kinlerini kurmuşlardı. Hz. Osman'ın şehit edildiği zamana kadar tam bir birlik içinde olan Müslümanlar arasında bazı kimseler ayrılarak, şii, harici gibi fırkalara bölündüler. Peygamberimizin bildirdiği ve ashabı kiramın tabi olduğu doğru yoldan ayrılmayan müslümanlar ise, fitneyi yok etmek için büyük gayretler gösterdiler. Doğru yoldan ayrılmadılar.
Hz. Osman daima adaletli davranırdı. Müslümanların rahatı için büyük titizlik gösterirdi. Fitne hareketine bir takım ithamlarda başlayan asilerin her türlü bozuk iddialarına, ikna edici cevaplar verip, delillerini gösterdi. Fakat asilerin maksadı karşılık çıkarına ve fitne yaymak olduğundan hicretin
35. yılında Hz. Osmanı şehit ettiler.
Onun şehit olmasından sonra Hz. ra Halife seçildi. Hadisi Şeriflerde Hazreti Osman hakkında buyruld: '' Her Peygamberin Cennette bir arkadaşı vardır. Benim arkadaşım da Osman'dır''. Resulullah sav kızı rukiyeyi Hz. Osmana verdikten sonra kızına; '' Osman İbn. Affanı nasıl buldun? sorusuna; '' Hayırlı, iyi gördüm'' dedi.
Ey canım kızım! Osmana çok saygı göster. Çünkü Ashabım arasında ahlakı bana en öok benzeyen odur''. buyurdu.
Hz. Osmana gökteki Melekler haya ederler, buyurdu.
Yine buyurdu ki: '' Bütün melekler benimle iftihar ederler. Ben de Ben de Osman İbn. Affan ile görünürüm.'' Resulallah, Hz. Osmana buğz eden bir kimsenin cenaze namazını da kılmamıştır.Yine buyurdu ki; Biz Osman İbn. Affanı Allahü Tealanın halili ve kerim olan babamız İbrahim aleyhisselama benzetiyoruz.''
Bir Hadisi Şerifte: '' Osman'ın şefaati sayesinde, Cehennemi hak etmiş yetmiş bin kişi hesapsız cennete girecektir, buyurmuştur.''
